Esta película plantea que en un futuro los humanos serán esclavos de las máquinas, de la propia tecnología creada por el hombre. Esas computadoras mantendrán a las mentes de los humanos conectadas, mediante un cable en la cabeza, a una simulación social de la realidad que eso es lo que se denomina Matrix. En esa simulación las máquinas usan a los seres humanos para obtener energía. Algunas personas eran liberadas de Matrix y vivían en la ciudad de Zion.
Este film comienza con un joven llamado Thomas Anderson que de día es un programador informático para una de las compañías más importantes de software y de noche un hacker que estaba investigando, bajo el seudónimo Neo, algo de lo que había escuchado hablar, de Matrix.
En la computadora y por intermedio de códigos rastrea a un hombre, otro hacker llamado Morfeo que es quien sabe la verdad sobre Matrix. Por intermedio de Trinity, otra hacker, Morfeo lo manda a buscar a Neo para liberarlo de ese mundo virtual.
Entre los supervivientes humanos que vivían en la ciudad de Zion existía una profecía que afirma que alguien será el elegido y podrá liberar a la humanidad de la esclavitud de las máquinas. Para Morfeo, Neo es el elegido aunque el oráculo le haya dicho que no.
Morfeo y su tripulación tenían una nave que la utilizaban para entrar y salir de Matrix. En ese trayecto se enfrentaban con naves enemigas. Pero uno de su tripulación, Cyper, los traiciona dándole información al agente Smith, que es un programa de Matrix que con otros dos quieren ingresar a los ordenadores de Zion.
En la nave y por intermedio de unos aparatos ellos ingresaban a Matrix y atendiendo un teléfono regresaban a la nave.
Neo termina siendo el elegido ya que cuando se estaba muriendo, por un disparo del agente Smith, Trinity le dice que el oráculo le había dicho que ella se iba a enamorar del elegido y ella estaba enamorada de él.
Neo termina luchando con el agente Smith y lo vence.
